为了进一步强化《关税与贸易总协定》争端解决机制，乌拉圭回合谈判较全面、彻底地对《关税与贸易总协定》争端解决规则和程序作了改进，最终形成了《关于争端解决规则与程序的谅解》。通过这样一个强化了的机制，世贸组织希望能更迅速、更有效地处理成员之间的贸易纠纷和摩擦、维护他们之间的权利与义务，督促各成员更好地履行各项协议的义务及其所作的承诺。因此，世贸组织争端解决机制在《关税与贸易总协定》的基础上发展而来，但还不能够说它就是完善而成熟的，还存在不少的缺陷和不足。归纳下来，可以分为两类：《关于争端解决规则与程序的谅解》自身的规则性缺陷以及《关于争端解决规则与程序的谅解》作为国际力量制衡产物的结构性缺陷。
一、规则性缺陷
1.缺乏有关竞争政策和劳工标准的条款
在乌拉圭回合谈判中，对一些行业的相关条款进行了修正，同时，又作出了很大的改进。但是，对于竞争政策和劳工标准的方面，却缺乏相应的条款。因此，对于世贸组织的争端解决机制而言，如果遇到有关这两个方面的相关纠纷就会形成无法可依的局面，从而难以对此二者的纠纷进行公正裁决。
2.执行期限过长
虽然世贸组织的争端解决机制已经对各个环节的时间进行了限制，比较《关税与贸易总协定》时期的争端解决程序大大缩短了时间。但是，从向争端解决机构提出诉讼开始，各个环节消耗的合理时间加总长达27个月。但是，商机往往一闪即逝，经过如此漫长的等待，即便最后公正的裁决下来，并且得到了执行，对于一个国家，一个行业尤其是那些对外部经济依赖性很强的国家和部门而言，影响可能已经是巨大而难以弥补的了。
3.争端解决程序中的损失问题
虽然在《关于争端解决规则与程序的谅解》中的第22条涉及“补偿”，但是，那是针对在“建议和裁决未在合理期限内执行可获得的临时措施”。在申诉、裁决和等待执行的“合理期限”内所发生的经济损失，没有任何的条款规定进行何种程度的赔偿。并且还有一个问题就是某些特殊及差别待遇条款难以有效执行。
二、结构性缺陷
一是因为发达国家经济对发展中成员的经济依赖较小，即便是受到报复，其影响可能也不是很大；同时，发展中成员必须要考虑长久的经济利益，甚至要考虑政治利益。因此，最后的结果很有可能是放弃这样的报复，委曲求全。