农村税费改革是我国农村继土地改革，实行家庭承包经营之后的又一次重大改革，改革的目的是减轻农民负担。但在试点过程中也存在一些问题。例如，乡镇财政收入减少，村级收入大幅下降，乡村工作运转困难；农村义务教育财政保障有困难；税负欠公平，农民负担由地少的向地多的农户转移；计税标准不合理，计税价格与市场价格差距较大，土地面积、常年产量与实际不符；农村集体经济负债数额较大等问题。要解决农村税费改革出现的问题，关键我们要采取积极的对策，完善有关配套改革措施。 一、精简乡镇机构和人员
目前，全国有4.5万个，财政供养人员1280万人，平均每个乡镇接近300人。乡镇机构庞大臃肿是农民负担过重的主要原因，乡镇机构不精简，不改革，农村税费改革就成了一句空话。首先，要精简乡镇机构和人员，按照精简、统一、效能的原则，实行乡镇党政机构合并设置，规模较大的乡镇可设3-4个综合性办公室；进一步压缩乡镇干部和事业单位人员，坚决清理编外和临时招聘人员。其次，要转变乡镇政府职能。按照社会主义市场经济发展的要求，科学界定乡镇政府的职能和机构设置，切实减少政府的行政审批，从抓过去生产经营，催种催收，转变到落实政策、行政执法、提供服务上来。第三，要调整行政区划，撤并小规模乡镇。目前，乡镇规模普遍小，有的还不到2万人，合并后的乡镇规模一般应5万人左右。
二、精简和优化教师队伍，合理配置教育资源
农村教师素质不高，队伍庞大，农村学校布局不合理，教育管理机构人员多，既造成农民教育负担过重，又造成县乡财政教育支出过大，据调查，目前许多县市教师工资支出约占县财政工资支出的50％以上，占乡镇财政支出的70％左右。近年来，精简和优化教师队伍，合理配置教育资源势在必行。一是采取措施精简和优化教师队伍。要严格核定编制和岗位，清退代课老师，压缩非教学人员；大力推行以竞争上岗、择优选聘为主要内容的人事制度改革，分流不合格教师。二是合理调整学校布局。现在许多地方中小学生源减少，农村交通条件也有了很大改善，为适当集中办学创造了条件，今后，加大合班并校力度，形成合理中小学学校布局，优化配置教育资源。三是改革农村义务教育管理体制。由过去的乡级政府和农民集资办学，改为由县政府负责实施和管理农村义务教育，教育经费纳入县级财政，中央和省级政府要加大对农村义务教育的支持力度，确保农村义务教育的健康发展。