以文件为单位组织室藏，是由少数单位档案部门发起并已产生了一定影响的管理方式。对于这种管理方式，档案界各说不一，笔者以此文参与对这个问题的讨论。
一、以文件为单位组织室藏消除了传统的档案观念
传统的档案观念，案卷是基本单元。案卷是构成全宗的基本单位，案卷特征揭示了卷内文件某一共性。它是由卷内若干文件、卷内文件目录和备考表组成，以卷（或盒、袋、册）构成保管单位。该保管单位还应具有案卷标题、案卷编号、案卷分类号、作者、时间、保管期限、卷内文件份数等若干标识，形成一个完整的案卷概念。
而以文件为单位组织室藏，则使?档案"或"案卷"的基本特征不复存在。单份归档文件作为室藏的基本保管单位，首先使"档案"这一概念发生了嬗变。档案，是"机关或企业等分类保存的文件和材料。"①"是按一定规律集中保存而形成文件材料的组合…。相对的系统化、文件的有机体系才是档案区别于文件的本质属性之一。"②这里给档案所下的定义是：１档案是由若干份文件按照一定规律形成的组合体，是文件集合的概念。２档案与文件相互区别的本质属性，是文件的系统化和有机联系，而所谓的文件系统化和有机联系，一般是指文件按类别特征、问题特征、职能特征等构成的相互之间的关系。没有这些特征和相互关系，只靠文号联系，显然就是缺乏文件形成规律的有机联系，也就是从根本上抹煞了档案与文件的本质区另别。这样，以单份文件为保管单位，则使"档案"的概念荡然无存。那么，档案室、档案管理、档案管理人员、档案全宗以及《档案法》中所述一些基本术语的概念都失去了本质上的意义。皮之不存，毛之焉附﹖
二、以文件为单位组织室藏不适用于科技、声像等门类档案管理
如果在一个档案全宗内实行以单份文件为单位组织室藏，其它门类归档材料以案卷为单位组织室藏，必然给档案的分类、编号、编目、统计、保管等项工作带来明显的差别，这种差别是否会给管理带来诸多的不便呢﹖
三、以文件为单位组织室藏不适用于手工管理
单份文件保管，不甚适宜装盒。其理由之一是：某一年度若干份文件，是按月装盒，还是按形成部门装盒﹖按月装盒，可以不打乱文号，可保持按文号顺序检索文件这一途径。但由于每月发文数量不均，有的２棧掣鲈路⑽目勺奥缓校械囊桓鲈碌姆⑽囊埃矖３盒。这种装盒的文件失去了月份特征而无助于检索。按发文部门将文件装盒，由于各部门发文数量悬殊较大，也存在着按月份装盒文件数量不均引起的问题。