本文将主要讨论的是基于电子商务环境下的企业组织模式的整体创新，以及在这一模式创新下的组织功能的转变。
二、企业内部组织的创新
传统的科层式组织的优点是分工明确、可以发挥专业化优势，其缺点是企业的各职能部门尤其是营销、生产、研发、财务、后勤等管理部门往往各自为政、协调困难，信息流程长且传递效率低。在电子商务的环境下，信息技术的广泛应用首先使内部组织的有效市场化成为了可能，它打破了官僚主义的官本位，破除了科层组织信息沟通不畅的弊端，使结构更加精简、扁平，但这种组织结构不是一般意义上的“扁平化”，而是根据企业再造（BPR，BUSI·NESS PROCESS REENGINEERING）的思想将企业内部业务流程和企业间业务流程的重新设计与整合。在进行企业再造的过程中，企业的各子系统久生产、营销、研发、财务、后勤服务等业务部门的攻能将重新调整，它们之间的关系也将因此而改变。
传统组织基本上是按照管理职能的专业分工而进行部门化设计和职能部门设置。进人信息地代，在Internet、Intranet、ERP等基础上的企业电子商务系统能智能化地实现大部分的组织管理职能——计划、组织、指挥、协调、控制（领导、激励除外），因此组织内部的分工方式将发生革命性的变化，由职能分工型的组织结构向任务分工型的组其结构转变。企业组织将是由价值链上的若干“任务系统”集成的组织系统，即每一任务系统功能是实现市场价值的一部分。企业的主要任务系统包括：营销系统、开发系统、生产系统、物流系统等。
按企业活动的任务流程重构组织模式，如下图所示（以制造企业的组织结构框架为例）。
注：CEO——首席执行官；CIO——首席信息主管；CFO——首席财务主管。
从图中的组织结构看，组织按业务流程进行设计，打破了传统的多层次、官本位式的等级组织模式，大部分中层管理机构将被分解到各业务系统，彻底地改变了组织的活动流程。通过建立起包括从市场研究、开发与设计、供应、生产、到销售等业务流程的面向用户的快速反应组织系统，满足了激烈竞争下的市场需求多元化的需要。
三、企业组织界面的创新
网络化组织是按工作流程构成的一个具有固定连接的业务关系为基础的小单元联合体。它既可以是企业内部的工作单位的联合，也可以扩充到外部联盟企业。近年来，网络化组织与虚拟企业、战略联盟之间的界限有日渐模糊的趋势，有学者甚至在一个理论框架下定义它们。