证券金融公司资本充足率的设定，直接影响到其资产规模、信用水平和运行质量。台湾要求证券金融公司的负债总额不能超过其资本净值的11.5倍，相当于最低资本金充足率8%；相比之下，日本证券金融公司的同一比率仅为2.5%，其资本金比率很低，且债务中几乎全部为短期债务，要求高效率的流动资金管理技能。考虑到金融机构的性质及本着稳健的原则，我国证券金融公司的最低资本金充足率设定在8%比较适宜。
2、明确不同部门的职能权限
融资融券的交易过程比较复杂，牵涉面也较广，因此美国、日本、台湾都对此作了非常细致和具体的规定。我国证券市场发育程度尚低，市场参与者自律性较差，因此更应事先制定较完备的法律法规加以规范，明确各方的权限和职责。我国法规的结构设计可以从两方面着手：中国人民银行作为商业银行的主管机构，制定有关银行向证券金融公司提供资金的渠道、方式和管理办法；中国证监会作为中央证券监管机构，制定证券金融公司向证券公司或投资者提供资券转融通的管理办法，并由证券交易所对有关交易、存管、结算等方面制定出细则作为补充。证券金融公司成立后，再根据以上两个方面的总体法规制定出具体的操作规程，这样就形成了一个较为完整的制度氛围。
3、业务职能的设定
证券金融公司是资本市场和货币市场之间的资金通道之一。日本的证券金融公司只能向证券公司进行融资融券，而与投资者的融资融券必须通过证券公司转融通；台湾实行对证券公司和一般投资者同时融资融券的“双轨制”，并对证券公司进行分类，只有约三分之一的证券公司有办理融资融券业务的许可，其它的证券公司只能为客户办理资券转融通。我国在设定证券金融公司的职能时，可同时借鉴日本、台湾的经验，并根据我国实际情况，考虑制定以下分阶段的实施步骤：
（1）对券商的融资融券资格设限，只有那些具备一定规模、资产质量良好、守法经营的券商才有资格申请融资融券业务。券商规模控制在近期无重大违规行为的综合类券商。
（2）在证券金融公司建立之初，规定其只能向证券公司进行融资，而不得向后者进行融券，也不得直接向投资者进行融资融券。证券公司可以向投资者融资，但不得融券。
（3）在运行一段时间后（如1年后），放开证券金融公司直接向投资者进行融资，但仍不得向券商或投资者从事融券业务。