（三）资本运营推动力的缺陷
考察我国国有企业近几年的资本运营案例，我们发现了一个很不正常的现象，即国内的国有企业在进行兼并、收购、合资等影响力较大的资本运营活动前，推动力大多来源于政府部门，而不是企业经营者主动寻求运营途径和方式。造成这种现象的主要原因有：一是国有企业经营者思想及利益的约束，二是国企资本运营中，政府行为的不恰当定位及不合理的行政干预，严重影响了以市场交易为基础的资本运营的效益和目标，这也是当前普遍存在的资本运营操作不当、效果不佳的症结所在。
怎样给政府在资本运营中定位，"自由市场派"认为资本运营从本质上讲是市场交易行为，因此必须以市场为基础搞资本运营，一旦政府行政干预，"拉郎配"式的联合兼并就会出现，"杀富济贫"的不正常资本运营也会产生，这样只能使资本运营扭曲。而"经济干预派"由认为应从我国经济现实出发，国企运营不会进行，与之相应的应由资本运营带动改革和发展的其他举措也不能得以启动。从国有资本运营的外部分析，政府确实发挥着为资本运营提供政策导向和组织保证、支付资本运营中的一些成本等经济职能。尤其是在我国现阶段，资本运营过程中政府的功能和作用还是比较大且必不可少的，纯粹的市场行为不一定能实现所有目标，但决不能因此认为它是资本运营主体。因为如果把政府作为资本运营主体介入，必然存在两主体职责、功能不清问题，长此以往，甚至会导致政府和企业的职能纠缠不清或其他更恶劣的状态，资本运营反而成了政企不分、阻碍改革和经济发展的祸根。所以，在资本运营中，要对政府职能和作用正确定位，即政府对资本运营只起宏观导向和保驾护航的作用，而对于资本运营主体。同时，资本运营的进行和功能发挥，也会成为推动转变政府职能及政企分开离改革的又一关键步。
（四）不健全的社会保障制度不利于资本运营的健康运作
传统体制下国有企业一直实行低工资高福利政策（这种政策实际上形成了职工与企业之间一种无形的契约关系，即一种社会化的、包括保障和福利在内的利益统筹关系）。而国有企业进行资本运营时，一部分企业破产、被兼并、下岗职工和富余人员原则上应由企业对其进行劳动关系补偿，或继续不逐渐兑现福利和保障方面的承诺，然而，目前真正以有效方式对职工过去的劳动关系进行补偿的只是少数企业，大多数企业"无条件"的地解除原先存在的契约关系。这样一来，下岗职工缺少必要的财力支撑走向再就业之路，不但加重了政府负担，还有可能扩大或激化职工不满、社会不安定等负面效应。