2、公共卫生发展投入不足
公共卫生作为一种公共产品，财政是其最为主要的投入者，但改革之后，财政对于公共卫生提供的支持和投入呈现出总量不足、总体投入趋势不断下降、投入结构不合理的态势。统计资料表明，在卫生总费用方面，政府的投入明显偏低且逐年下降，1990年卫生总费用的投入中有25%由政府投入，到1995年已经下降到了17%；其中，用于公共卫生的比例明显过低且呈下降趋势：1990年政府的卫生支出中只有19%用于公共卫生，到1995年这个数字下降到了12%。
另外，政府预算的公共卫生支出在全国卫生总费用的比例也呈不断下降的趋势。由于我国的社会保障和医疗保险体系尚未建立，目前没有参加医疗保险的人口大约占全国总人口的76%以上，自费看病的费用在私人健康支出中占到近80%。与此同时，1990—2000年间，医药费用增加了8—10倍，个人卫生支出负担有所加重。
即使与发展中国家相比，中国的公共卫生支出仍然处于非常低的水平。1997—1998年低收入国家（人均年收入在1000—2200美元之间）的公共卫生支出占其财政支出的平均比例为1.26%，中等收入国家（人均年收入在2200—7000美元之间）的平均比例为2.25%，而中国却只有0.62%（何帆，2003）。
3、公共卫生事件中防疫系统建设滞后
在一个城市整体卫生工作中，疾病预防和公共卫生监督是市民健康保障的第一道防线。从各国的经验来看，疾病预防和公共卫生监督的建设资金基本上来源于国家财政的公共投入。有专家估计，预防投入1元钱，其功效相当于治疗中的10元钱甚至更多。