主流经济学的所谓制度心理个体主义，是包括以下几个命题的分析方法：一是只有个体才能有目标和利益，因此，任何制度分析除了个体之外不可能找到其他科学的解释基础；二是社会整体是个体行动的结果，所以社会整体必须归结到个体行为上才能形成一致性的理论；三是个体行为的动力是由个体主观效用最大化构成的，个体行为的性质是由认知结构决定的，因此，对制度等整体范畴的认识必须从个体心理出发。公共选择理论方法论上的个人主义，体现在它们对社会秩序和个人行为的看法以及对政府和政治的见解上。在公共选择理论家看来，个人只是社会秩序的基本组成单位，而政府只是个人相互作用的制度复合体，个人通过制度复合体做出集体决策，来实现他们相互期望的集体目标，同时也通过制度复合体开展与私人活动相对立的集体活动。公共选择理论把个人作为分析的基本单位，把社会存在看作是个人之间的相互作用，认为应当根据个人来解释社会和政治，而不是根据社会来解释个人。布坎南曾经把他的公共选择理论看作是“政治过程的个人主义理论”。但是公共选择理论对政治程序的解释，只是一种逻辑推理，与主流经济学一样，在分析框架方面面临着难以克服的缺陷。
笔者认为，整体虽然是由个体组成，但它决非是个体简单相加的产物。个体本身并非是抽象的存在物，而是特定的综合和多样性的统一。因此，单纯从个体出发来认识制度，一则无法清楚地把握个体本身的性质，而只能从抽象而又含糊的人类行为理论出发；二则无法判断个体间各种直接和间接的相互作用的性质，而只能把个体的相互作用比拟成抽象的契约谈判行动，从而无法把握各种个体间契约谈判行动的外部影响，以便从个体相互作用中总结出社会作用方式的规律性。这些缺陷体现为：第一，无法把握人类行为中各种价值目标的形成过程，特别是意识形态的起源方式；第二，无法解释历史上许多集团行动产生的原因，以及一些非利他主义行为广泛存在的现实；第三，无法真正解释许多社会整体现象起源的过程，而只能给出某种逻辑性的理论假说。
过分强调理性最大化行为方式，可能会将人类行为中非意识性、非目的性的行为排除在分析之外。因为最大化行为方式要求主体的效用偏好必须满足一致性、传递性等条件。但事实上，许多偏好根本无法满足上述三个条件。如许多非财富化价值目标根本不能同财富目标相协同，具有非连续性、跳跃性、间断性的特点；强行将一些社会价值目标和人类各种行为基础都纳入理性最大化行为模式中，必定抹杀这些范畴的内涵，忽视它们在制度变迁、制度绩效中的作用。