从包含了意识形态在内的个体行为模式来分析制度，容易导致反复，因为意识形态中的各种规范和价值准则本身就包含了制度的维度，本身也是社会相互作用过程中的产物。而从单纯的抽象的个体出发，则又容易陷入“社会决定个人，个人决定社会”这类争论之中。
一般认为，方法论的整体主义者在于他们强调以下三点：首先，社会的整体大于各个部分的总和；其次，社会整体显著地影响和制约着它的各部分行使职能的行为；最后，个体行为将从宏观的或社会的规则、旨意或力量而推断出来，而这些都是独特的适用于作为整体的社会系统的，从个体在整体中的地位（或职务）中推断出来。
从整体出发来理解社会形态与制度结构是十分重要的。因为，人不可能仅仅是一个生物形态下的自然人，他还是一个社会中的具体人。既使我们进行最抽象的个体分析，也需要就这个人的生存环境作一个或一些前提假设。这些假设本身就不能不具有社会的、文化的或道德的含义。如果我们假定一个追求个人利益最大化的人，那么，这个假定比如在原始社会就是不可能成立的。因为在那个历史条件下并不存在单纯的可分的个人利益。在管理学中的霍桑实验是说明这一问题的典型案例之一。梅奥在霍桑实验的第四阶段的结果表明：如果人是为了追求个人最大利益化的人，那么工人将会按照计件工资尤其是累进的计件工资的要求，努力争取完成大的生产定额。但这个适合于市场制度的假设，在企业组织内部却并不成立。在班组中的工人宁可完成大部分工人所完成的生产定额，既不愿意超额，尤其不愿意过多地超额。为什么同样的人在同一市场中，所做的行为选择会如此不同呢？因为一个人处于不同的制度结构中，他的行为选择就会有所不同。制度决定个体行为，而不是个体行为决定制度。
四、结论
公共选择理论与主流经济学的突出的区别是：主流经济学把利益冲突和利益集团放在了经济学之外，留给了政治学；公共选择理论由于研究视角向政治领域的延伸，对利益集团及其利益关系进行了探讨，但并没有把利益冲突及矛盾对社会经济的影响纳入分析框架之中，而是仍然坚持方法论的个体主义，在遇到个人需求偏好缺失与公共选择的矛盾无法解决的情况下，便把经济问题上升为通过“政治程序”解决。这既是公共选择理论的贡献，也是公共选择面临困境时的选择。但问题到此并没有结束，如何把经济问题和政治问题能置于一个合理的分析框架内，把二者有机地统一起来，就需要引入新的分析方法。