研究社会经济制度问题必须采取“利益———冲突———矛盾”的政治经济学方法。因为：第一，公共选择理论“理性———最大化———选择”和“成本———效益”分析框架在纳入制度因素时，必然会产生许多该分析框架不可解决的理论冲突，也不可能真正地把握制度的本质和市场交易的根源。第二，政治经济学的本质是一种“社会经济学”，它为分析各种社会经济制度提供了一个内在逻辑相一致的理论分析方法。而公共选择理论首先构建了行为理论（包括奥尔森的集体行为理论），在行为理论的基础上构建了理性选择理论，在理性选择理论的基础上构建了交易理论，从而构建了公共选择理论的大厦。具体表现为：一是在修正古典“经济人”行为假设的基础上，将有限理性、机会主义以及各种非财富最大化价值目标纳入行为理论之中；二是将新古典的“理性—最大化”模式进一步拓宽，运用于整个社会范畴，认为每个人都进行着选择，即便是在一个政治市场上，也是每个人都在一定约束内“自由地”选择。由于抽象地从人类个体出发，因此，公共选择方法论只能将人类不同的个体视为无差别的、平等的原子体，从而只能将人类相互作用过程中的利益冲突归结为机会主义式的冲突，而无法看到个体谈判与个体谈判相互的间接影响。因此，集团间的利益冲突就被排除在理论分析之外了。这决定了公共选择经济学无法将它的分析深入到社会生产系统中。公共选择理论虽然对利益集团及利益关系进行了较深入的研究，但并没有揭示利益冲突的结果，也没有认识到个体冲突在很大程度上是由宏观结构的冲突决定的。因此，分析公共行为与公共利益必须采取“利益———冲突———矛盾”的政治经济学方法。马克思主义对社会经济的分析，采用的是最具代表性的“利益———冲突———矛盾”分析框架。正如克莱因所指出的那样，马克思研究经济问题的方法完全不同于凯恩斯和古典派的方法论。马克思并未研究单独的个人行为，而是直接研究各阶级的行为，马克思体系的宏观单位不仅是生产者和消费者，而且也是工人和资本家。这两个集团是相互排斥的，他们的利益的基本冲突成为经济体系变化的推动力之一。
方法论个人主义与方法论整体主义都坚持着一个片断，坚持着观察世界、观察人类社会的一个视角，因此都是不正确的。个体分析方法与整体分析方法应当是互补的；只采用其中任何一种分析方法，都不可能获得完整全面的认识。经济学的研究中应当采取的是整体分析与个体分析相结合的规则。