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生物信息学新进展

发布时间:2006-09-14 21:10

  计算机技术和人类基因组计划的发展,应运而生了一门新兴的学科——生物信息学,该学科包含了两个交叉领域的工作:用于建立现代生物学所需信息系统框架(支持生物学的信息管理系统、分析工具和通讯网络)的研究开发工作,即传统意义上的生物信息学(bioinformatics);旨在理解基本生物学问题的基于计算的研究工作,即计算生物学(computational biology)。生物信息学和基因组研究(Bioinformatics and Genome Research)系列会议于1990年开始举办,1997年6月11~12日在美国加州旧金山举办了第六届国际生物信息学和基因组研究年会,年会的主要议题包括正在出现的新技术、基因的功能分析、新的数据工具和制药先导的基因和蛋白质发现[1]。现将有关内容简介如下:



  一、正在出现的技术



  Klingler(Lncyte pharmaceuticals,PaloAlto,CA,USA)强调基因组学正推动制药业进入信息时代。随着不断增加的序列、表达和作图数据的产生,描述和开发这些数据的信息工具变得对实现基因组研究的任务至关重要。他谈到了Incyte pharmaceuticals对大规模基因组数据和生物信息学的贡献。



  Lipshutz(Affymetrix,Santa clara,CA,USA)描述了一种利用DNA探针阵列进行基因组研究的方法,其原理是通过更有效有作图、表达检测和多态性筛选方法,可以实现对人类基因组的测序。光介导的化学合成法被应用于制造小型化的高密度寡核苷酸探针的阵列,这种通过软件包件设计的寡核苷酸探针阵列可用于多态性筛查、基因分型和表达检测。然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析,以获得序列、表达和基因分型信息。Milosavljevic(CuraGen, Branford, CT, USA)介绍了一种新的基于专用定量表达分析方法的基因表达检测系统,以及一种发现基因的系统GeneScape。为了有效地抽样表达,特意制作片段模式以了解特定基因的子序列的发生和冗余程度。他在酵母差异基因表达的大规模研究中对该技术的性能进行了验证,并论述了技术在基因的表达、生物学功能以及疾病的基础研究中的应用。



  二、基因的功能分析









  三、新的数据工具







  Riley(Marine biological Laboratory,Woods Hole,MA,USA)在讨论大肠杆菌蛋白质的功能同时,特别提到了GPEC数据库,它包括了由实验确定的所有E.coli基因的功能的信息。该数据库中最大比例的蛋白质是酶,其次则为转运和调控蛋白。
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