相对较为独立、所受行政干扰较少、评审较为公正，保证了国家自然科学基金用20%的经费，推出了基础科研近80%的成果
科学家们在批评中国目前的科技经费掌控体制——主要以科技部为代表时，往往会提及一个相对较为独立、所受行政干扰较少、评审较为公正的组织，即国家自然科学基金委员会。
在原中国科学院基金局的基础上，国家自然科学基金委员会于1986年2月成立，负责管理国家自然科学基金，以基础研究和自由探索为主，系国务院直属事业单位。最初暂挂靠科技部，2000年独立出来。
它的资金来源主要是中央财政科学事业费预算拨款，和一小部分社会捐助。去年财政批了22个亿，约占全国基础科研投入的20%。