不在农业地区的县乡村工作和生活的人，对农业税和农村土地的功能的理解是简单的。即：农业税是很少的财政收入来源，曾经是国家工业化原始资本积累的来源；农村土地是农民的财产，是生产要素。就此而已。所以，只要不收农业税了，政府和农民的关系就简单了，干群关系就会好了，农民就会感谢共产党了；土地承包30－50年不变了，承包地不再频繁调整了，村干部就不欺负农民了，农民就吃定心丸了，土地就能有效流转了，农民就舍得对土地投入了，粮食等农产品生产就稳定了。应该说，这些认识是对的，但很不全面。
农业税除如前所述功能外，还有如下多种功能：
第一，调节农业生产结构的功能。对国家而言，如果鼓励或限制生产某种农产品，可以对某种产品采取减免税额或增加税额的办法加以调节。例如，84年出现卖了难后，政府鼓励发展“多种经营”，稻田养鱼就减免农业税和粮食定购任务，改征特产税。当时的农业特产税比农业税和粮食定购差价低很多。2003年，粮食库存和粮食总产都处于90年代中期以来的最低水平，政府为了解决粮食危机，2004年在农业税已经取消的情况下，政府用粮食生产补贴的办法鼓励农民生产粮食，种粮农民能够得到每亩10左右的补贴。
第二，调节乡村之间利益关系的功能。不同的乡镇或村社所处的生产环境不同，农业税赋的比例是不同的。如：一般情况，地势高的乡村的农业税税率比地势低的乡村农业税税率高，有的下游村不仅没有税赋，相反还得到上游村的“转移支付”。如果农业税取消后，类似上游和下游的矛盾在非正常年份会突出出来，该如何解决呢？今后，政府转移支付资金应该如何考虑这个因素呢？
第四，增强基层政府信用，提升基层政府执行力的功能。如果要搞一个跨村甚至是跨乡受益的工程，一时间拿不出钱来，但又必须在规定的时间建成，常见的办法是先对农民做出减免农业税的承诺，组织农民先干起来。这样做，等于是提前开支了财政收入，用“承诺”调动了民力搞建设，大大提升了政府的执行力。农业税取消后，地方政府原来“先干了再说”的魄力和“空口白话”动员千军万马的能力不会再有了。
第五，激励功能；例如，在低产田的改造升级中，常用的办法是以减免几年农业税或增产后多少年不增农业税的办法激励。这和第四点是相似的，对改造盐碱地、渍涝地、荒地等是非常有效的。现在国家投入专项资金对低产田进行改造，其效果远远不如以前用农业税激励的好。