关于刘蕺山的形上思想，学界一直有不同的看法。有些学者认为蕺山哲学是唯物主义的气一元论，有学者认为其哲学仍是性体或心体一元论。还有学者，看到蕺山有时似是以气为本体，有时似又把心、独体看作本体，因而认为蕺山有二元论倾向。本文认为，这些意见分歧主要是因为未能确切把握“气”范畴在蕺山哲学中的两重意义而引起的。在蕺山哲学中，“气”须作二重解读：或指宇宙生成论上的质料，或直指形上理体，不能简单化地一概而论。
一、生生之气和氤氲之气
“气”在蕺山哲学中是一极重要且关键的范畴。但是，蕺山并没有对其所说的“气”作明确分疏。今天我们研读其文献，可以确切地把握到，其所谓“气”在其哲学中有两重意义：一是如程朱那样，用“气”指形而下之存在；一是用“气”指形而上之本体，与“道体”、“太极”、“性体”、“本心”及蕺山所谓“意根”、“独体”等具有相同的意蕴。为方便计，本文姑且将后者称之为“生生之气”，把前者称之为“氤氲之气”。
蕺山常有“盈天地间一气也”之类的说法，但是不可据此遽认其为通常意义上的“唯气论”。因为，一则此类说法可能是体用圆融之言说方式，二则，而且更重要的是，蕺山所言“气”有时是指形上本体而为言的。
宇宙论意义上的“气”是中国哲学中的重要概念；这一意义上的“气”之为物质性的，显而易见。很多学者即以这种物质性的气来解读、封限“气”这一范畴。这种理解是应该修正的。至少就蕺山哲学而论，是如此。因为蕺山不仅用“气”指称无形的物质性存在，也用“气”指称无形的精神性存在。若细论，蕺山用“气”指称精神性存在有二种情形：一是以“气”称“於穆不已”的天命流行之体，一是以“气”称道德本心。这二种“气”其实是一“气”，一是就超越的本体而言，一是就内在的本心而言，有时蕺山统称之为“生气”或“生意”。以下引证文献以明之。
蕺山说：
诗云“维天之命，於穆不已”，气之本也。诚者，天之道也。勿忘勿助，敬之至也。思诚者，人之道也。[i]
蕺山说：
蕺山说：
独便是太极，喜怒哀乐便是太极之阳动阴静。天地位，万物育，便是乾道成男，坤道成女，万物化生。盈天地间只是一点太和元气流行，而未发之中实为之枢钮其间，是为“无极而太极”。[v]