面对知识的专业化和文化的商业化以及后现代思潮的几路夹击，知识分子群体内部发生了急剧的分化。一部分知识分子退出公共空间和公共话语，而另一部分知识分子则试图以各种方式重建公共性，恢复知识的生活与公共生活的有机联系。不过，随着90年代知识分子的急剧分化， 即使是在公共知识分子中间，对如何重建公共性也产生了严重的分歧。这些分歧主要涉及到对知识分子使命的自我理解和所依据的背景，大致来说，可以分为三种类型。
第一类公共知识分子主要是人文精神派知识分子。这一类型的知识分子坚定地相信知识分子代表着普遍的真理、良知、正义，知识分子应该为这些神圣的价值而呼喊、奋斗和干预社会。他们特别强调，虽然对人文精神的实践是个人的，但其背后有确定不移的"超个人的普遍原则"和"超个人的社会公理"。那是容不得虚无主义和犬儒主义的。人文精神不仅是一种关怀，而且与实践不可分割，它本身体现为人文实践的自觉性。
在对抗社会的商业化上，以学者为主体的人文精神知识分子还是属于比较温和的，相形之下，与人文精神派同时出现的，以作家"二张"（张承志和张炜）为代表的道德理想主义派，则表现出异常激进的反抗姿态。这是第二类公共知识分子。在社会世俗化大潮面前，"二张"以"抵抗投降"的高调出现，他们以"精神圣徒"自称，宣布要高举鲁迅先生的反抗和不妥协的旗帜，代表社会底层或边缘的被压迫的民众和弱者，"向长久脱离民众、甚至时时背叛人民的中国知识界挑战"，"对体制化的学术和文学冲决或反抗"。为了反抗，甚至不惜赞美暴力的合理性。
第三类公共知识分子出现得稍晚，大约在90年代中后期，是以汪晖为代表的"批判知识分子"。以前述后现代、后殖民思潮一样，汪晖也是在质疑启蒙思想的普世化现代性为出发进行反思的，但他拥有前者所不具备的西方学理基础和思考深度，他既忧虑学院化体制下知识分子失去了与公共生活的有机联系，又注意到市场化下公共领域为商业逻辑操控的普遍现实，在他看来，唯有揭示社会日常生活中被遮蔽的权力关系，才是知识分子的最重要的职责。为了拒绝知识界为他们所作的"新左派"命名，汪晖以"批判知识分子"的方式来自我理解他所代表的这些知识分子的特征："批判的思想群体的共同特点是致力于揭示经济与政治之间的关系，揭示知识分子群体所习惯的思想方式和观念与这个不平等的发展进程的内在的关系"。