一、当前农村税费改革存在的问题 （一）乡村财力减少缺乏有效的增长机制
农村税费改革后，虽然采取了一些措施用以增加乡村可用财力，如加大转移支付力度，新增农业税全部留给乡镇等，但从近期总体情况看乡村财力明显减少。改革后农业税收入将在一段时期内保持稳定，而财政支出是刚性增长的，原有政府各项支出并没有减少，对于那些主要收入来源于农业的乡镇，矛盾就比较突出。乡财政收入难以实现有效增长，财政供养人口近几年却不断调增工资，九年义务教育，中小学危房改造，环境保护等支出是要随着经济发展而增加的，乡镇公共需求也呈快速增长态势。与此同时，改革中减支的各项配套措施虽已在逐步实施，但完全落实近期所需财力也较多，乡村合并精简干部可以减少干部报酬，而对离岗的村组干部又要支付大笔的退补费；乡镇行政事业单位机构改革人员分流，对精减人员待岗分流期间也要给予一定生活费补助；农村教育布局调整需要乡财政增加新的购建投入等等，这些都给乡财政收支平衡带来困难，如果不从根本上解决乡财政增长机制问题，就很难消除增加农民负担的隐患，不能确保乡村组织的正常运转。
（二）乡村债务偿还缺少资金来源
在这次农村税费改革试点工作中，乡村债务问题被暂时搁起，但其潜在风险较大，是不容回避的。乡村债务问题虽不是税费改革本身造成的，然而却是影响农村税费改革能否成功的重要因素。改革之初绕开乡村债务问题是可以的，但始终不解决这个问题则无法巩固税费改革的前期成果。乡村债务形成原因较多，如前些年由乡镇政府出面盲目贷款办企业，搞各种集体项目，最终却无盈利，致使偿债责任落到乡镇政府和村委会头上形成的债务；乡村二级干部为追求政绩，贷款搞各种达标升级项目所欠款项；请客送礼、大搞不正之风、财务管理疏漏、名目繁多的集资、赞助等等均使债务大量增加。据统计，江苏2000年底全省平均每村负债8万元，最高的村达53万元，全国1999年底平均每个村债务为21万元。税费改革取消了“三提五统”，原先由“村提留”解决的村级债务缺乏还款来源，而由“乡统筹”承担的债务，现大部分转化为乡镇财政承担，在乡财力减少情况下，也无力偿还。在这些债务中特别是欠农户的借款和合作基金会股金等，如不及时偿还，农民就有可能以债抵税，使部分农业税收入落空，从而影响乡财政收支平衡，形成恶性循环，最终会阻碍税费改革的顺利进行，甚至会影响农村社会稳定。因此处理好乡村债务问题已成为当务之急。